Argumento de la Sexta Temporada

Esta temporada empieza de un modo muy complejo, ya que el Dr. Foreman se convierte en el reemplazo del Dr. House, volviéndolo completamente irracional el estar tratando de ser como House, cosa que hace que se termine su relación con Trece y sea despedida, marchándose ella a Bangkok. Taub abandona el equipo diciéndole a Foreman que la única razón para estar en el equipo era trabajar para House. Lo que hace que se vuelva al equipo original con Chase y Cameron.
House empieza un tratamiento de desintoxicación en el hospital psiquiátrico de Mayfield para desintoxicarse de la vicodina en su cuerpo y con el fin de controlar sus alucinaciones. Planea dejar el hospital pronto, pero su médico, el doctor Darryl Nolan, insiste en que finalice correctamente su tratamiento. También en su terapia de rehabilitación, tras probar con varios hobbies para distraer su atención del dolor de su pierna, descubre que su trabajo como médico es lo único que funciona, por lo cual vuelve también al equipo pero esta vez como subordinado de Foreman, aumentando cada vez más el temor de este de no ser tan buen médico como su antiguo jefe.
Otro de los giros de la historia es el caso de Dibala o caso Dibala, un dictador que es conocido por varios crímenes en contra de la humanidad, mientras es tratado, Chase y Cameron entran en un dilema de si salvarlo o no, más aún por la interferencia de un ciudadano de esa patria el cual les decribe lo horrible de sus crímenes. Al final Chase cambia el resultado de sus exámenes para que lo traten por una enfermedad distinta, haciendo que el nuevo tratamiento lo mate. Pero Foreman lo descubre, tras una discusión entre los dos, Foreman decide encubrirlo, pero debido a los nervios que presentan los dos, House también descubre el cambio de resultados, pero también los encubre. Después de eso las consecuencias de la decisión de Chase se ven a través de esta temporada.
Con el tiempo, despues de tanto sufrir, Chase decide decirle la verdad a Cameron, esta lo perdona pero Chase se pregunta por que. House recupera su licencia y vuelve a ser el superior de Foreman, y decide que su equipo debe estar formado por los dos anteriores,(Foreman, Chase, Cameron, Taub y Trece)asi que en un caso del cual sabe la respuesta decide mandarle informacion sobre este a Taub y Trece para despertar alguna clase de interes para que volvieran (por suerte lo logra y juntos resuelven el caso), al mismo tiempo siembra la duda en Chase sobre el perdon de Cameron, llevando a este a convertirse igual que House y no sentir culpa.
Cameron al ver esto, le dice a Chase que antes se habia enamorado de House pensando que lo podria cambiar, y que despues se intereso en Chase por que se habia vuelto mas humanitario, pero el hecho de no sentir culpa de haber matado a Dibala, lo convertia en alguien como House, asi que decide separarse de el y mudarse a otra ciudad. Aunque Chase sufre la perdida, decide mostrarse fuerte ante sus compañeros de equipo, ahora formado por Foreman, Taub, Trece, y el, al mando de House.
Mientras en la vida de House, las cosas se le empiezan a complicar, cuando reconoce lo que siente por Cuddy, por lo cual empieza a idear formas de ganarse su corazon. Cuando este va una conferencia de doctores con Cuddy y Wilson, ve una oportunidad perfecta para declarse, pero al llegar a su cuarto de hotel, ve a Lucas (el detective que le ayudo a vigilar a Wilson) con la hija de Cuddy (dandole a entender que Cuddy esta con el), lo cual le destroza el corazon, y como venganza decide comprar un apartamento con Wilson, el cual iba a comprar Cuddy para mudarse con su hija y Lucas, aunque no pierde su extraña amistad con este ultimo.